Tens duas hipoteses e, em principio, ambas viaveis.
A 1ª é a k o MrBean falou. Se ambos os ficheiros tiverem o mesmo numero de linhas, e o numero de cada linha corresponder à respectiva traduçao no outro ficheiro, é so fazer uma troca, utilizando o subtile workshop. Explora um pco k encontras a opçao.
Como raramente isto acontece, existe uma segunda soluçao, k é ajustar os tempos da legenda ao framerate correspondente. Para tal abres a legenda em pt no subtitle workshop e no filme vês o tempo em k é falada a primeira legenda, e o tempo em k é falada a ultima legenda. (ou podes sempre ir ver o 1º e ultimo tempo na legenda em ingles) Dps explora por lá k existe uma opçao para ajustar os tempos, utilizando esses primeiro e ultimo. Em principio ficarao impecaveis.
DICA: neste segundo caso, nao contes como primeira legenda nem como ultima legenda, titulo do filme ou creditos finais. retira-os antes de ajustar os tempos entre primeira e ultima linhas faladas pelas personagens, e dps de tar tudo sincronizado, sincronizas manualmente, essas k retiraste.
Boa sorte
