Mais uma vez, não sei se esta opção está disponível no Subtitle Workshop, é questão de pesquisarem.
Mas melhor que palavras, deixo imagens:
PONTO MUITO IMPORTANTE: É necessário terem o VLC Media Player 2.0.8 instalado na pasta do Subtitle Edit. Sem ele, o SE não será capaz de reproduzir uma WaveForm.
PASSO Nº1: Abrir o SE e seleccionar normalmente a legenda e o vídeo. Depois teremos de seleccionar esta opção para que se abra a janela da Waveform.

Depois de clicado o SE ficará com este aspecto:

A seguir, simplesmente clicámos com o rato em cima do painel preto. Depois de clicado aparecerá isto:

Nesse momento, o VLC está a criar a Waveform. Se bem me lembro, é coisa para demorar em média 2/3 minutos, talvez até menos. Às vezes, pode parecer que a janelinha deixa de responder mas isso é normal. Não façam nada, que ele acabará por terminar a tarefa.
Concluída a Waveform, ficaremos com isto:

Agora, passo a explicar o porquê de, na minha opinião, isto ser uma maneira muito boa de sincronizar linhas com áudio.
A Waveform, como já perceberam, é aquela espécie de linha que aparece a verde. É parecida com aquela máquina que nos deixa "ver" os batimentos cardíacos, num hospital.
Sempre que reproduzirem o vídeo, a linha vai seguindo o áudio do vídeo. Eis um exemplo:

Na imagem acima, podemos ver que a linha, não está bem sincronizada. Como podem ver, o diálogo começa na linha azulada, que foi onde eu parei o vídeo. Mas está a começar a aparecer a partir da zona a vermelho.
É aqui, que a Waveform ajuda, pois dá-nos uma imagem de quando e onde a personagem começa a dialogar, tornando muito fácil sincronizar o áudio e o texto devidamente.
Como viram, já seleccionei na waveform onde quero que a linha comece a aparecer, que é a linha azulada. Estando a linha azulada no sítio, só temos de clicar ou no botão do lado esquerdo que diz "Set Start Time" ou no F11 ou na tecla de atalho que vocês predefiniram, ficando a waveform desta forma:

E pronto, a linha já está a começar no timing que nós queremos e exactamente na altura em que o diálogo começa.
Para delimitarmos um tempo limite é fazermos o mesmo que acima. Eu, se for possível, não delimito o tempo, no preciso momento em que a personagem acaba de falar, mas sim, um bocadinho depois. Isto claro, sempre que for possível.

Nesta imagem, podem ver que já delimitei o tempo final de aparição da linha de texto no ecrã. Para isso, seleccionei onde queria que acabasse, e depois carreguei no botão do lado esquerdo que diz "Set End Time". (também dá o F12 ou tecla de atalho que vocês predefinam)
Como vêem, quando deixa de haver picos, é quando o diálogo acaba, mas eu dei alguma margem para que seja completamente perceptível e dê tempo para as pessoas conseguirem ler tudo. Depois é indo fazer isto ao longo do filme.
Sei que pode parecer um bocado confuso, mas pelo menos para mim, é uma grande ajuda. Não só é mais rápido, como também é mais cirúrgico. Desta maneira, costumo demorar 5/10 minutos a sincronizar entre 70 a 100 linhas. Depende das cenas.
Alguma dúvida, não hesitem. Espero que vos seja útil.