Olá meu

, as legendas vão piorando a nível de sincronia por causa dos intervalos.
Existe uma diferença de aprox. um a três segundos (+ ou -) entre intervalos.
E também devido a cortes de edição em diferentes versões, dependendo da série / filme também existem diferenças de sincronia substanciais.
Nestes casos, (normalmente) deve-se sincronizar sem alterar os tempos da primeira e ultima linha, e andas com as legendas (todas) para a frente e para trás sincronizando as falas iniciais (primeiras linhas), depois quando sair de sincronia fazes o mesmo mas selecionando só as restantes falas, para que as do início não fiquem fora de sincronia. Vais fazendo isso e eventualmente os episódios ficam em sincronia.
O tempo que vais demorar dependerá do tipo trabalho que tens de fazer, quando o problema de sincronia se relaciona com cortes de edição é muito mais difícil de sincronizar

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Se não estou em erro a série FlashForward tem vários cortes de edição entre as diferentes versões, e deverá ser necessário apagar ou acrescentar linhas por vezes.
Espero sinceramente ter ajudado.
Abraço